Tant que tu as des zones qui se chevauchent comme ici où on voit des zones zébrées tu auras des problèmes avec MOI3D...




La solution ici peut être de décaler de 0.1 ou moins vers le haut un des deux solides et faire une intersection :

Si tu ne veux pas faire un tel décalage, tu essaies l'intersection avec un autre moteur de modélisation 3D...

Ici, j'ai utilisé 123D Design, le petit gratuit qui avait tout d'un grand mais qui a disparu (partiellement) du paysage des logiciels 3D.
Autodesk c'est bien... Ultra-cher mais des capacités ultra_bien.
On a toujours 123D dans un coin de notre tête pour faire des trucs que Moi3D galère à faire...
Mais Moi3D est tellement plus simple et convivial à mon sens, que 123D sert d'outil annexe.

Le process que j'ai fait.

Export dans MOI3D de tes objets au format STEP
Import dans 123D Design du ficher STEP
Intersection qui va bien
Export dans 123D Design du résultat en fichier STEP
Import dans MOI3D du fichier STEP
Remise à l'échelle, car 123D Design a une fâcheuse tendance à faire ce qu'il veut avec l'échelle (ici tout avait été multiplié par 100...)

Le résultat est propre... Non ?