En jetant un œil sur ton lézard :
le truc que tu as appelé bug, existe mais ce n'est pas un solide ou une surface jointe.
C'est le nom assigné à un "Edge", une arrete donc.
Tu ne peux pas supprimer une arrete car elle appartient à une surface ou un solide.
Si tu sélectionnes Bug, tu vois que ça sélectionne une partie de ton lézard.
Pour t'en débarrasser tu peux sélectionner bug et supprimer son nom.
Bug disparait.

Sinon pour tes problèmes de solid et de booléen entre tes morceaux de lézard, je pense que ça vient largement des pattes pliées.
En effet, la géométrie d'une surface qui se recoupe elle même est très instable.
Le logiciels ont du mal à voir ce qui est interne ou externe lors des opérations booléennes.
Il y a aussi quelques pétouilles avec des surface confondues ou qui sont légèrement décrochées.

Tu peux séparer les surfaces et faire un explodeMove pour voir des morceaux très bizarres qui ont été créés par des opérations booléennes d'objets qui se recoupent ou sont trop coplanaires.
Tu pourras aussi regarder l'intérieur des pattes dont les surface se coupent elles-mêmes.

Une des solutions possibles, ça peut être de passer par un logiciel tiers en passant par un format maillé qui sera réparé. Genre MeshLab.
Sinon un procédé de rétro-ingénierie du style extraction des courbes externes pour reconstruction, mais c'est long et pas simple.