A gauche une découpe faite avec des lignes magenta et à droite une découpe faite avec un solide.

non seulement avec un solide tu dois supprimer le "reste de ton solide de découpe mais il faut se méfier des couleurs des faces si tu caches une de ces couleurs.

tu peux modifier les couleurs en réattribuant la couleur à ton solide quand il est visible entièrement et sélectionné entièrement.
Dans ton cas en réattribuant les bonnes couleurs à tes joints et à tes pierres.





scene avant découpe...