En regardant ton fichier, je pense comprendre ce qui peut te choquer ou créer une incompréhension.
Tu as créé des solides pour faire tes découpes qui avaient une couleur particulière.
Lorsque tu découpes un solide avec un autre solide, le résultat a des faces de la couleur du solide de découpe.

si tu fait des sélections ou des manipulation pour cacher des solides ou des couleurs de style tu caches des faces qui ont certains noms ou certaines couleurs.
Méfiance sur ce sujet. tes solides sont bien là, mais tu ne vois pas certaines faces.

Tu peux découper des solides avec d'autres moyens qu'avec un solide.
Une ligne (ou deux lignes dans ton cas peuvent suffire.
un des intérets c'est que ça ne change pas les couleurs des faces et que tu n'as pas besoin de supprimer les parties qui dépassent suite à une découpe.
c'est comme une coupe par une lame dont le trait de coupe est une ou plusieurs lignes.