J'aurais tendance à penser comme Pilou...

un problème de recouvrement ou de découpe pas assez franche ou partielle.

Si tu peux fournir le fichier on pourra chercher une solution simple.

Deux pistes :
- bien placer ta "lime" pour une découpe franche et complete. Le logiciel ne risque pas de chercher des faces trop proches ou concordantes.
- déplacer les points de controle des surface. C'est plus sensible sur des formes complexes mais ça peut fonctionner pour ce que tu veux faire